地下水科學與工程系共包括兩個碩士招生專業(yè)：地下水科學與工程專業(yè)（學術型碩士）及土木水利專業(yè)（專業(yè)型碩士）；兩個博士招生專業(yè)：地下水科學與工程專業(yè)（學術型博士）及資源與環(huán)境專業(yè)（專業(yè)型博士）。

學術學位研究生的培養(yǎng)方式以學術研究工作為主，采取課程學習、科學訓練、學術交流和社會實踐等科教融合的方式。學習、科學訓練、學術交流和社會實踐等科教融合的方式。學術學位碩士研究生的培養(yǎng)工作實行指導教師個別指導或者指導教師負責的指導小組集體培養(yǎng)相結合的指導方式。

專業(yè)型學位研究生的培養(yǎng)方式采用課程學習、專業(yè)實踐和學位論文相結合的方式，學位論文堅持實際應用導向。專業(yè)學位研究生的培養(yǎng)實行雙導師制，以校內(nèi)導師指導為主。校內(nèi)導師由學院本學科碩士生導師擔任，負責指導個人培養(yǎng)計劃的制定、學位論文撰寫等工作。聘任來自企業(yè)具有豐富工程實踐經(jīng)驗的專家作為校外導師參與實踐過程、項目研究、課程與論文等多個環(huán)節(jié)的專業(yè)學位研究生培養(yǎng)全過程指導工作。