吉林大學(xué)水資源與環(huán)境研究所是在原長春地質(zhì)學(xué)院應(yīng)用水文地質(zhì)研究所（成立于1991年）的基礎(chǔ)上，于2001年3月正式成立的專門從事水資源與環(huán)境研究的校屬院管科研機構(gòu)，首任所長為我國著名水文地質(zhì)與環(huán)境地質(zhì)學(xué)家林學(xué)鈺院士，依托單位為新能源與環(huán)境學(xué)院。

研究所以東北寒區(qū)為主要研究區(qū)并輻射我國北方，以地下水與環(huán)境演變及調(diào)控為主要研究方向,先后承擔和完成國家和省（部）級重要科研任務(wù)300余項，在地下水可持續(xù)開發(fā)利用、水文地球化學(xué)過程與模擬、地下水土污染控制與修復(fù)等領(lǐng)域的基礎(chǔ)理論和關(guān)鍵技術(shù)上取得了一批具有重要影響的研究成果，在地下水尋找與開發(fā)利用、地下水資源科學(xué)管理、地下水土污染修復(fù)關(guān)鍵材料與工藝研發(fā)等方面逐漸形成了自己的特色和優(yōu)勢。研究成果先后獲得國家及省（部）級獎勵23項，其中國家科技進步二等獎1項、省（部）級科技成果（進步）獎一等獎6項、二等獎10項；出版學(xué)術(shù)專著30部。

建所以來，研究所已先后培養(yǎng)包括博士后、博士、碩士等在內(nèi)的高級人才350余名，其中博士后30名，博士生65名（包括5名外籍博士生），所培養(yǎng)的伊朗博士生Manouchehr Chistsazan是我國最早培養(yǎng)的理工專業(yè)外國博士生之一。

研究所與國內(nèi)外著名高校、科研院所和企業(yè)具有廣泛密切的合作聯(lián)系。

目前研究所現(xiàn)有成員15人，其中中國科學(xué)院院士1名，教授11名，已形成了一支融合地下水科學(xué)與工程、水文水資源、環(huán)境科學(xué)與工程等多學(xué)科交叉研究團隊，先后獲得吉林省中青年科技創(chuàng)新團隊和自然資源高層次科技創(chuàng)新人才工程科技創(chuàng)新團隊等稱號。